Когда Э.Балтин принял под свое командование Черноморский флот, тот был сравним с «чемоданом без ручки» и для ельцинской России, и для кравчуковской Украины. В постперестроечной российской элите царили настроения уступить Украине вместе с Крымом и Черноморский флот. Только усилиями командующего флотом Эдуарда Балтина и боевых офицеров флота, по нескольку месяцев не получавших зарплату, флот удалось отстоять.

В тот непростой промежуток времени расформирования и флотораздела Э.Балтин добился того, что содержание кораблей в составе сил постоянной готовности стало выдерживаться в пределах установленных норм, а планы боевой подготовки и несения боевой службы стали выполняться.

Вспоминая об Э.Балтине, требуется отметить его участие в миротворческих акциях. К выдающимся заслугам этого военачальника относят предпринятую во многом под его личную ответственность операцию по эвакуации мирного населения из зоны военного конфликта между Грузией и Абхазией в 1993 году. Тогда с целью обеспечения эвакуации мирных жителей в Абхазии был высажен военно-морской десант, занят и оборудован прибрежный оборонительный район, ставший центром операций по спасению и вывозу в Россию тыс. мирных жителей.

Твердая и принципиальная позиция Балтина принесли ему огромное уважение на флоте и в широких кругах российского общества, тем не менее одновременно сделала его объектом травли со стороны грузинских и украинских националистов, а также руководства Украины.

Напомним, что Э.Балтин продолжил плеяду командующих Черноморским флотом, между которых— адмирал Федор Ушаков (1790–1792 гг.), генерал-фельдмаршал Григорий Потемкин (1783–1791 гг.), адмирал Александр Панфилов (1856 г.), адмирал Александр Колчак (1916–1917 гг.) и другие.

Традицию службы на Черноморском флоте в настоящее время продолжает внук адмирала.