Согласно Распоряжению Правительства Российской Федерации от 4 августа 2014 г. в состав КФУ им. В.И. Вернадского включено Крымское отделение Института востоковедения им. А.Е. Крымского Национальной академии наук Украины (КОИВ НАНУ), преобразованное в Научно-исследовательский центр истории и археологии Крыма (НИЦИАК).

Крымское отделение Института востоковедения создано по постановлению Президиума НАН Украины в 1992 г. на базе лаборатории по изучению этнической истории Крыма, организованной в 1989 г. в Симферопольском государственном университете (ныне Таврической академии КФУ им. В.И. Вернадского) по инициативе А.И. Айбабина для изучения истории депортированных народов. Его же Президиум НАН Украины назначил директором КОИВ. С 1996 г. по решению Отделения истории, философии и права КОИВ было признано в НАН Украины главным научно-исследовательским центром византологии, кроме того, научно-методическим центром и координатором востоковедческих исследований на территории Крыма.

Сотрудники КОИВ проводили исследования по истории, археологии, этнографии Крыма. В ходе систематических архивно-библиографических и археологических изысканий накоплена обширная база источников. В многочисленных трудах исследователей проанализированы малоизвестные и неизвестные письменные источники, кроме того, огромный массив вновь найденных археологических находок. На протяжение многих лет учёные КОИВ проводили археологические раскопки позднеантичных и раннесредневековых некрополей Дружное, Опушки, Нейзац, Левадки, Лучистое, некрополей и городищ на плато Мангупа, Эски-Кермена и Баклы, городских кварталов и раннехристианского некрополя Пантикапея-Боспора, античного и ранневизантийского города Тиритака. Полученные в ходе раскопок археологические материалы, содержащие важную информацию по истории населения Крыма, пополнили фонды государственных музеев Крыма, в том числе «Золотой кладовой» Центрального Музея Тавриды, и включены в их экспозиции. В 1994 и 1995 гг. крымские находки демонстрировали на выставках, проводившихся в городах Италии: «Европа готов» (г. Милан) и «От тысячелетия до тысячелетия. Сокровища варваров Северного Причерноморья»        (г. Римини).

В 1994-1997 гг. КОИВ совместно с французским Центром исследований по средневековой археологии (г. Кан, Нижняя Нормандия) выполняло научный проект «Варвары на границах Империи». В рамках этого проекта крымские и французские исследователи провели совместные раскопки в Нормандии под руководством директора названного Центра доктора Кристиана Пиле (1994-1996 гг.) и алано-готского могильника у с. Лучистое под руководством А.И. Айбабина (1995-1997 гг.). В 1997 г. по результатам крымско-французского проекта «Варвары на границах Империи» в г. Кане состоялась выставка «Археология Черного моря».

В 2003-2012 гг. КОИВ и Римско-Германский центральный музей (РГЦМ, г. Майнц, Германия) под руководством профессоров директора КОИВ А.И. Айбабина и директора РГЦМ Ф. Дайма выполняли проект «Готы в Крыму». Крымские и немецкие исследователи вели междисциплинарные исследования на плато Эски-Кермен и Мангуп, кроме того, некрополя Лучистое. Помимо раскопок производились высокоэффективные дистанционные и геофизические исследования. Результаты всех исследований отражены в отчетных материалах, многочисленных публикациях, кроме того, диссертациях их руководителей и участников.

КОИВ явилось организатором многих региональных и международных конференций. Впервые в Крыму были проведены большие международные византологические конференции: «Византия и народы Причерноморья и Средиземноморья в раннее средневековье» (г. Алушта, сентябрь 1994 г.) и «Византия и Крым» (г. Севастополь, июль 1997 г.). В обеих конференциях участвовали ведущие учёные-византинисты из многих стран Европы и США. С 2000 г. КОИВ и Центр археологических исследований Благотворительного фонда «Деметра» в г. Керчи ежегодно проводили международную конференцию «Боспорские чтения: Боспор Киммерийский и варварский мир в промежуток времени античности и средневековья». С 2009 г. КОИВ и заповедник «Херсонес Таврический» проводят в г. Севастополе международный византийский семинар «Империя и полис». С 2008 г. в сотрудничестве с общественными организациями КОИВ ежегодно проводило конференции и заседания круглого стола, посвященные проблемам межэтнических и межконфессиональных отношений в Крыму.

Крымское отделение Института востоковедения вело активную издательскую деятельность. С 1990 г. ежегодно издаются «Материалы по археологии, истории и этнографии Таврии», а с 2001 г. — «Боспорские исследования». Оба издания были включены в список ВАК Украины.

Результаты научно-исследовательской работы сотрудников КОИВ отражены в многочисленных публикациях, отчетах, учебно-методических изданиях для средних и высших учебных заведений. Только в промежуток времени 2006-2014 гг. в свет вышло 18 научных монографий и более 640 научных статей и других публикаций в научных изданиях Украины, России, Германии, Турции, Англии, Италии, Румынии, Польши, Молдовы, Греции и Кипра. В изданиях РГЦМ (г. Майнц, Германия) на немецком языке опубликованы монографии А.И. Айбабина «История и археология Византийского Крыма» и «Раннесредневековый могильник у села Лучистое» (в соавторстве с Э.А. Хайрединовой), кроме того, сборник трудов крымских и немецких учёных о работах на Эски-Кермене.

Итоги международных исследований систематически освещались в докладах на региональных и международных конференциях, проходивших в Украине, России, Германии, Греции, Италии, Дании, Турции, Польши, Болгарии, Нидерландах, Великобритании, Франции, Швейцарии, на Кипре и в других странах Европы.

НИЦ ИАК состоит из трёх отделов, в которых работает 19 научных сотрудников, в числе которых 3 доктора и 10 кандидатов наук.

Одним из приоритетных направлений научной работы Отдела истории и археологии древнего и средневекового Крыма являются исследования исторического наследия Византийской империи, в составе или под влиянием которой находилась значительная часть Крымского полуострова с IV по XV вв. В рамках этого направления сотрудники НИЦ ИАК изучают историю политико-административного устройства византийских центров в Крыму, влияние Византии на этнокультурные процессы и формирование христианской грекоязычной общности на полуострове, роль Византии в распространении христианства между варварского населения Крыма и историю местных епархий Константинопольского патриархата, византийское влияние в погребальном обряде, в культовой архитектуре, в материальной и духовной культуре местного населения. Важным направлением являются исследования по истории и культуре ираноязычных, германских, тюркских народов, в частности хазар, крымских татар, кроме того, христианского населения Крыма и малых этноконфессиональных общностей, их роли в формировании полиэтнического и поликонфессионального населения Крыма. Изучается история Крымского улуса Золотой Орды и Крымского ханства. Ведутся исследования в области византийской и золотоордынской нумизматики на территории Крыма.

Отдел новой истории Крыма ведет исследования по истории этнополитических трансформаций и интеграционных процессов на полуострове после присоединения Крыма к Российской империи в 1783 г. Изучается история взаимоотношений российской имперской власти с мусульманами Крыма, проблемы и процесс интеграции мусульманских институтов в правовую систему Российской империи, история и культура еврейских, караимских и других этноконфессиональных общин Российской империи, опыт сосуществования и взаимовлияния разных народов и культурных традиций в новое время, история исследования культурно-религиозных памятников Крыма. Важным направлением является изучение и публикация новых и малоизвестных письменных источников по истории Крыма. Особое внимание уделяется исследованию особенностей восприятия и описания Крыма иностранными путешественниками, российскими помещиками, чиновниками, переселенцами, научному переводу редких описаний полуострова.

Деятельность Отдела естественнонаучных методов в археологии Крыма направлена на внедрение в научный и образовательный процесс новейших междисциплинарных фундаментальных и прикладных исследований и достижений в области археологии и подготовку высококвалифицированных специалистов-археологов, владеющих всем арсеналом современных естественнонаучных археологических технологий. Исследования будут проводиться в рамках научного сотрудничества между КФУ им. В.И. Вернадского и Национальным исследовательским центром «Курчатовский институт», Институтом географии РАН (г. Столица России) и физическим факультетом Санкт-Петербургского государственного университета.

Коллектив НИЦ ИАК проводит научные исследования в рамках базовой части госзадания Минобрнауки РФ и по проектам, получившим поддержку научных фондов. В рамках базовой части госзадания в 2015-2016 гг. выполнялся проект «Этнокультурные процессы в Крыму в античности, средневековье и новое время», с 2017 г. реализуются два научных проекта: «Византийское присутствие в Крыму: политический, экономический и культурный аспекты» и «Российская империя и Крым: основные проблемы, концепции, понятия». При поддержке РГНФ и РФФИ в 2017 г. сотрудники НИЦ ИАК проводят исследования по 5 проектам, 3 из которых выполняются с 2015 г. Совместно с Институтом Российской истории и Институтом археологии РАН специалисты Центра участвуют в написании трехтомной истории Крыма, которая готовится к публикации в 2017 г., кроме того, принимают участие в федеральном проекте «История России через историю регионов», по подготовке учебных пособий по истории регионов Российской Федерации для школ и вузов.

НИЦ ИАК продолжает проводить научные мероприятия: Международную научную конференцию «Боспорские чтения. Боспор Киммерийский и варварский мир в промежуток времени античности и средневековья» и всероссийскую византиноведческую конференцию «Империя и полис», в которых принимают участие многие ведущие отечественные и зарубежные учёные, кроме того, молодые исследователи. Центр также проводит заседания круглого стола, посвященного этнокультурным и межконфессиональным отношениям в Крыму. Опубликованные материалы научных мероприятий входят в базу РИНЦ.

НИЦ ИАК продолжает работу по подготовке и публикации двух журналов «Материалы по археологии, истории и этнографии Таврии (МАИЭТ)» и «Боспорские исследования (БИ)», какие являются ведущими научными изданиями по истории, археологии и культурной антропологии Крыма и Причерноморья. В рейтинге Science Index по тематике «История. Исторические науки» МАИЭТ занимает 38 место из 96 изданий. МАИЭТ и БИ включены в базу РИНЦ и готовятся к включению в международные базы ERIH и Scopus.

В феврале 2016 г. на базе НИЦ ИАК и исторического факультета Таврической академии КФУ создан Специализированный совет по защите докторских диссертаций по специальностям «всемирная история» и «археология», председателем которого является директор НИЦ ИАК, д.и.н., профессор А.И. Айбабин. На рассмотрение Совета поданы кандидатские и докторские диссертации, в том числе специалистов из университетов Санкт-Петербурга и Новосибирска. Тексты диссертаций рецензируются и обсуждаются на заседаниях Ученого совета НИЦ ИАК.

Сотрудники НИЦ ИАК продолжают планомерные археологические исследования исторических памятников Крыма, являющихся объектами культурного наследия федерального значения и популярными экскурсионными центрами, привлекающими большое число туристов. В их числе: византийская крепость, средневековый город и некрополь на плато Эски-Кермен, античные и ранневизантийские города Боспор и Тиритака, могильники близ сел Лучистое и Левадки, кроме того, другие археологические объекты. Находки из раскопок пополняют музейный фонд РФ.

Сотрудники НИЦ ИАК поддерживают научные контакты со многими учеными ведущих научных организаций Франции, Германии, Австрии, Греции, Польши, Болгарии, Украины и других стран Европы. В их числе – Центр истории византийской цивилизации Коллеж де Франс (СNRS, г. Париж, Франция), Римско-Германский центральный музей (RGZM, г. Майнц, Германия), Базельский университет (Швейцария), Сербская академия наук. Сотрудники НИЦ ИАК являются действительными и ассоциированными членами французского Центра исследования культуры и истории Византии, Немецкого археологического института, Европейской Международной Ассоциации археологов (ЕАА), Международной ассоциации керамистов (Rei Cretatriae Romanae Favtores). В июне 2015 г. было подписано Соглашение о сотрудничестве между Базельским Университетом (Швейцария), Крымским федеральным университетом им. В.И. Вернадского и Благотворительным фондом «Деметра» (Керчь), в рамках которого проводится исследование и готовится публикация на русском и немецком языках коллекций аттических ваз IV века до н.э., хранящихся в музеях Крыма.

Результаты научной деятельности НИЦ ИАК, отраженные в научных отчетах, в многочисленных публикациях в отечественных и зарубежных изданиях, в докладах на научных конференциях в России и за рубежом, кроме того, публикуемые Центром научные издания используются:

1. Учеными-специалистами по истории и археологии Евразии, Византии, Средневековой Европы, России и Крыма из научных институтов РАН, НАН Украины, Санкт-Петербургского Университета, МГУ, Уральского федерального университета и других вузов, Гос. Эрмитажа, Государственного исторического музея, Государственного историко-археологического музея-заповедника «Херсонес Таврический», Центрального Музея Тавриды, Крымского Этнографического музея, Бахчисарайского историко-культурного заповедника, европейских научных организаций, в частности  Института археологии Центра истории Византийской цивилизации (Национальный центр научных исследований, Франция), Римско-Германского центрального музея г. Майнц (Германия), Римско-Германской комиссии (г. Франкфурт-на-Майне, Германия), Университета Марии Кюри-Склодовской в г. Люблине (Польша), Базельского университета (Швейцария) и других научных организаций и вузов.
2. Библиотеками научных учреждений, вузов и музеев России и Европы.
3. Научно-отраслевыми архивами Институтов РАН.
4. Государственным комитетом по охране культурного наследия Республики Крым, который является исполнительным органом государственной власти Республики Крым, уполномоченным в сфере сохранения, использования, популяризации и государственной охраны объектов культурного наследия.