Считается, что кальян менее вреден, по сравнению с обычным курением. При курении кальяна табачный дым проходит через воду и таким образом очищается от некоторых токсичных примесей. Кроме того, табак в кальяне горит на специальной площадке, не упакованный в сигаретную бумагу, и это также снижает количество вредных веществ.
Вместе с тем, при курении кальяна угарного газа в организм поступает больше, чем при курении сигарет. Поэтому после кальяна может сильно разболеться голова, появиться тошнота, особенно у новичков.
Кроме того, для вдыхания кальянного дыма приходится делать значительное усилие, в результате дым попадает и в нижние отделы легких.
Ещё одна опасность связана с тем, что кальян часто курят «по кругу», и через слюну могут передаваться такие заболевания, как герпес, гепатит В, туберкулез.